Ідея створення університетського музею історичного профілю, виникла, ймовірно, вже наприкінці ХVІІІ ст. Тоді при Львівському університеті було закладено основу зоологічного музею (1784р.). На початку ХІХ ст. створено анатомічний (1803р), у другій. половині цього ж століття – мінералогічний (1852р.), на початку ХХ ст. – палеонтологічний (1904р.) музеї. Можна важати, що прототипом Музею історії Львівського університету була галерея портретів ректорів. У 1820-х – 1840-х роках типографії Львова та Відня видрукували низку літографій. Це були портрети ректорів Вацлава Бетанського, Модеста Гриневецького, Петера Краузнекера, Авґуста Кунцека, Франца Мазоха, Йосифа Мауса, Іоана Стібера, Бенедикта Ваґнера, Венедикта Левицького. Ці графічні твори є тепер, наприклад, у фондах Львівського історичного музею.
Впродовж років у залі засідань Сенату і на вулиці Краківській і, згодом, на вул. Св. Миколая (тепер – Михайла Грушевського) формувалася галерея портретів ректорів. Відновлюючи добру традицію, зусиллями працівників Музею історії Університету вперше за більше, ніж сто років, зібрано фото 74 портретів ректорів і виготовлено наразі 50 копій, що зайняли помітне місце у новоствореній експозиції 2011 року. До вшанування очільників університету, заслужених учених і унаочнення академічних досягнень спонукало також святкування 250-тої річниці заснування Львівського університету (1911р.) . Справа була перервана Першою світовою війною. У 1918-1939 рр. організація Музею історії Львівського університету залишалась актуальною, у структурних підрозділах накопичувалося чимало історичних і культурних цінностей, колекції. У 1944-1945 роках із таких речей і збірок планувалося створення окремого музею . Справжні основи його закладались таки у 60-ті роки минулого століття, коли черговим поштовхом до цього стало святкування 300-річного ювілею Львівського університету(1961р).
Відкриття музейної експозиції відбулося 5 листопада 1964 р. Постановою комісії Міністерства культури Української РСР від 25 вересня 1978 р. Музеєві історії Університету присвоєно статус „Народний Музей”. Відповідно до політики „перебудови”, оновлена у 1986 р. експозиція, вже на початок 90-х років втратила актуальність. Ґрунтовна реорганізація тривала понад два десятиліття.
Чи не найгострішою проблемою того часу був брак експонатів, які відображали б історію університету правдиво, без ідеологічних перекручень, просто, цікаво, повчально. Впродовж кількох років велася пошукова робота. Вдалося закупити унікальні документи, наприклад, докторські дипломи ХІХ ст., печатки університетських підрозділів ХVІІІ-ХІХ ст.ст., з факультетів у музей передано цікаві наукові прилади: старовинний хронометр, різновид радіометра (фізичний факультет), прилад для досліджень зоряного проміння (астрономічна обсерваторія), архаїчного типу штативи для дослідів (хімічний факультет), столітньої давності муляжі рослин (біологічний факультет), давню вагу (історичний факультет).
Експозиція та фонди музею відображають історію Львівського університету як освітнього, наукового та культурного закладу. Найцінніші експонати – дипломи випускників і науковців з часів Австро-Угорської імперії, Польської держави та Радянського Союзу, документи й особисті речі визначних людей, рукописи та видання наукових праць, нагороди заслужених діячів освіти, науки та культури, колективів художньої самодіяльності та спортивних команд, твори живопису, скульптури, наукові прилади, фотографії та інші предмети, пов’язані з історією Львівського університету. Музей координує свою роботу з навчальними програмами історичного факультету, студенти й викладачі використовують музейні матеріали для написання курсових і дипломних робіт, дисертацій. Співробітники музею проводять екскурсії, надають консультації з історії Львівського університету. З 1991 року музей активно вів виставкову діяльність, значною мірою завдяки цьому зберігав і, навіть, зміцнював своє значення.
Музей став осередком зборів авторського колективу Енциклопедії Львівського університету (ЕЛУ), перший том, якої вийшов друком у жовтні 2011р. У виданні є 2 562 статті, 1914 ілюстрацій, 4 таблиці, 1 карта. Багато матеріалів до книги взято саме з фондів музею. З іншого боку, завдяки цьому проектові створено унікальну інформаційну базу – понад п’ять з половиною тисяч біографій і фото вчених. Планується, що матеріал можна буде оглядати в музеї з допомогою найсучаснішої комп’ютерної техніки.
Студенти й викладачі використовують музейні матеріали для написання курсових і дипломних робіт, дисертацій. Співробітники музею проводять екскурсії, надають консультації всім, хто досліджує розвиток науки й освіти, вивчає історію Львівського університету.
За останнє десятиліття Музей історії Університету дуже змінився. Одночасно з поповненням фондів вівся ремонт приміщень. Облаштовано фондосховище, виготовлено музейні меблі, проведено нову опалювальну систему, встановлено охоронну та протипожежну сигналізації. Це дало змогу розпочати створення музейної експозиції. Нову експозицію відкрито до 350-річчя Львівського університету 11 жовтня 2011 року.
Музей координує свою діяльність з навчальними програмами історичного факультету. Штат музею – 2 працівники (завідувач і зберігач музейних фондів (до 2010р. – художник). Завідувачі: Войтюк І.А. (1964-68), Чужа І.М. (1968-70), Гринюк В.М. (1970-73), Храмович О.Ф. (1973 1979), Мазур О.Я., Горохова З.К. (1986?-1991), Качмар В.М. (1991-2000), Павлишин О.Й. (2000-2001), Гудима Ю.В.(з 2001).
Музей розміщений у двох залах головного університетського корпусу, збудованого у 1877-1881 рр. за проектом Ю. Гохбергера для Галицького сейму (тепер вул. Університетська, 1, ауд. 221,222).
