Після Першого поділу Речі Посполитої (1772) з частини українських земель утворено австрійську провінцію Королівство Галичини та Лодомерії з центром у Львові. Скасування ордену єзуїтів, яке відбулося наступного року, спричинилося до закриття керованих ним культурно-освітніх інституцій, зокрема, Львівського університету. Усвідомлюючи необхідність підготовки кадрів різних спеціальностей для Королівства Галичини та Лодомерії, астрійський імператор Иосиф II (1780-1790) 21 жовтня 1784 р. видав Акт про відновлення Львівського університету. До його структури ввійшло чотири факультети: теологічний, філософський, юридичний і медичний. Університетський комплекс знаходився на вулиці Краківській. Першим ректором відновленого Львівського університету в 1784/1785 н.р. був чеський релігійний діяч Антоній Вацлав Бетанський. Першим ректором-українцем Львівського університету був майбутній Галицький греко-католицький митрополит Антін Ангелович. Він обіймав посаду ректора у 1796/1797 н.р. У 1787 р. Антін Ангелович організував у Львівському університеті інститут, де навчання проводилося українською мовою, а викладачами були відомі українські вчені та громадські діячі, зокрема, математик і філософ Петро Лодій, фізик Іван Земанчик, теолог Модест Гриневецький. Проте несприятливі умови змусили вже у 1805 р. понизити Львівський університет до статусу ліцею.
У 1805-1817 рр. Львівський університет існував як ліцей. 7 серпня 1817 р. австрійський імператор Франц І (1792-1835) відновив університет у Львові. До 1918 р. він називався “Цісарсько-королівський університет імені цісаря Франца І у Львові”. У першій половині XIX ст. універститет знаходився у будівлі на вулиці Краківській, з 1851 р. – на вулиці Святого Миколая (тепер -М. Грушевського). У структурі відновленого Львівського університету було три факультети: теологічний, філософський і юридичний, а з 1894 р.- ще й’ медичний факультет.
У результаті революційних подій 1848 р. австрійський уряд зробив низку поступок українському національному руху: 12 грудня 1848 р. у Львівському університеті відкрито кафедру руської (української) словесності, яку до 1867 р. очолював Яків Головацький (ректор Львівського університету в 1863/1864 н.р.). У 1894 р. у Львівському університеті відкрито кафедру загальної історії зі спеціальним оглядом Східної Європи з українською мовою викладання, яку до 1914 р. очолював Михайло Грушевський.
У 1871 р. Львівський університет було полонізовано. Наприкінці XIX – на початку XX ст. він став ареною боротьби українського студентства з польськими владними структурами та студентами-радикалами за право заснування у Львові українського університету. Наймасштабнішим проявом непокори стала “сецесія” українських студентів Львівського університету 1901-1902 рр. – організована акція припинення навчання. Під час сутички між польськими та українськими студентами 1 липня 1910 р. був смертельно поранений студент юридичного факультету Адам Коцко. Наслідком боротьби за український університет у Львові стала обіцянка намісника Галичини Міхала Бобжиньського про позитивне вирішення цього питання для українців, проте Перша світова війна перешкодила цим планам