У 1944-1991 роках Львівський університет діяв в умовах радянської системи. Конференція трудового колективу Львівського університету, на пропозицію його Студентського братства, 29 березня 1990 р. ухвалила рішення про підняття українського національного прапора над головною будівлею навчального закладу. 5 грудня 1990 р. відбулася інавгурація першого демократично обраного ректора університету Івана Вакарчука. За роки незалежності створено нові факультети: міжнародних відносин та філософський (1992), доуніверситетської підготовки (1997), електроніки (2003), культури і мистецтв (2004), а також коледжі: Правничий (1997), Педагогічний (1999), Природничий (2000).
11 жовтня 1999 р. Львівському державному університету імені Івана Франка надано статус національного. У 2005 р. офіційно розпочало діяльність Студентське самоврядування Львівського університету, а 2009 р. він отримав статус самоврядного дослідницького університету.
Наукова діяльність учених Львівського університету оцінена різними нагородами. Лауреатами державної премії України в галузі науки і техніки стали фізики І. Вакарчук (2000) і Й. Стахіра (2001), хіміки М. Миськів (2007), Б. Котур, Я. Каличак, Р. Гладишевський, В. Павлюк, Ю. Стадник і В. Заремба (2008), математик Ю. Щербина (2009). У 2008 р. студенти-прикладники В. Білецький, О. Коркуна та Р. Бабіля тримали золоті медалі на XXXII чемпіонаті світу зі спортивного програмування.
Львівський університет уклав 78 угод з навчальними закладами та установами країн світу. Серед почесних докторів Львівського національного університету імені Івана Франка- видатні українські та зарубіжні діячі науки, культури, політики, зокрема: І. Драч, А. Ян, Д. Павличко, І. Дзюба, Б. Штільфрід, О.-М. Біланюк, Є. Аксер, І. Скрипник, І. Юхновський, Є. Сверстюк, В. Мантль, Л. Костенко, В. Шевчук, І. Калинець, М. Боярський