1852/53 – На базі мінералогічних колекцій кабінету природничої історії Львівського університету засновано Мінералогічний музей. Є відомості про наявність мінералогічних зібрань ще з часів Єзуїтської Академії, на базі якої був організований Львівський університет. Організатором музею був професор, доктор ботаніки Гіацинт Лобажевський.
1864 р. – Відкрито кафедру мінералогії. Її першим завідувачем і керівником музею став професор Фердинанд Циркель – засновник мікроскопічного методу в мінералогії і петрографії, автор знаменитої книги “Lehrbuch der Petrographie”, що видана 1866 р. в Бонні. Він за допомогою професора зоології Г. Шмідта та професора X.С. Вейса, який замінив Г. Лобажевського, домігся асигнування на розвиток музею і придбання колекції з 2800 зразків.
1868 р. – Граф Станіслав Дунін-Борковський (учень А. Вернера з Фрайберзької гірничої академії) подарував Мінералогічному музею колекцію мінералів. Це були переважно зразки мінералів (бурштин, сірка, мідь, нефрит, баварський танталіт, алуніт, содаліт та інші), які він досліджував у власній лабораторії у Винниках під Львовом.
1868-1870 рр. – Після переїзду Ф. Циркеля в Кіль, музеєм і кафедрою завідував Герман Шмідт.
1870-1887 рр. – Мінералогічний музей очолював професор Фелікс Крайтц, який значно розширив петрографічну частину музею. На той час у музеї були і палеонтологічні зразки.
1887-1899 рр. – Кафедру мінералогії та мінералогічний музей очолив професор Юліан Медвецький, відомий працями з мінералогії Карпат і Передкарпаття, а також околиць Львова.
1899-1925 рр. – Кафедрою мінералогії і музеєм завідував професор Еміль Дуніковський. У цей період музей налічував 31 вітрину, у 14 з них експонували вивержені й місцеві осадові породи (винятково збори проф. Ф. Циркеля), а в 17 – колекції мінералів.
1892 р. – Мінералогічний музей переведено у новозбудований корпус для хімічного, геологічного і фізичного відділів на вул. Длугоша, 6-8 (тепер Кирила і Мефодія), а 1905 р. з огляду на відкриття кафедри геології з нього відокремлено палеонтологічну колекцію, яка стала основою геологічного музею.
1925 р. – Мінералогічний музей знову переведено в старий будинок на вул. Св. Миколая, 4 (тепер Грушевського), і разом з кафедрою його очолив за сумісництвом проф. Зигмунд Вейберг, з іменем якого пов’язане відкриття (1922) кафедри кристалографії (друга у світі).
1933-1939 рр. – Кафедрою мінералогії і музеєм керував професор Юліан Токарський, відомий працями з мінералогії та петрографії західних регіонів України, а з 1939 до 1944 – його учні: Стефан Біскупський і Казимир Смуліковський (відомий дослідник мінералогії і петрографії північно-західної частини Українського щита і Карпат, у післявоєнні роки академік Польської академії наук). Певних змін у розвитку музею в цей час не відбулося.
1944 р. – Розпочався новий етап розвитку Мінералогічного музею Львівського університету, який пов’язаний з іменем Є.К. Лазаренка, який у цьому році очолив кафедру мінералогії, а 1945 р. організував геологічний факультет, став його першим деканом, а пізніше проректором (з 1949 р.) і ректором (1951–1963) університету.
На той час музей займав дві кімнати загальною площею 75 м2, у яких на 26 вітринах експонували 3587 зразків мінералів переважно з родовищ Західної Європи і Північної Америки, частково з інших країн світу. Майже не було колекції мінералів з геологічних утворень України та інших республік колишнього Радянського Союзу. Під час перевірки каталогів надходження зразків виявилося, що в музеї залишилася лише половина раніше зібраних колекцій мінералів.
Розпочалася активна робота над поповненням колекційного матеріалу. Наприкінці 40-х і на початку 50-х років Є.К. Лазаренко організував низку експедиційних та екскурсійних виїздів у різні регіони колишнього СРСР (Урал, Забайкалля, Волинь, Карпати, Поділля та ін.) за участю співробітників та аспірантів кафедри мінералогії, а також студентів, що спеціалізувалися на цій кафедрі. Під час цих поїздок зібрано величезний і надзвичайно різноманітний кам’яний матеріал, який значно поповнив колекцію музею. Є.К. Лазаренко переконував любителів-колекціонерів передавати в мінералогічний музей цікаві і рідкісні мінерали. З його ініціативи відбулися обміни колекціями мінералів з Празьким національним музеєм (Чехословаччина), Мінералогічним музеєм Торонто (Канада) та ін.
Надзвичайно важливу роль у поповненні Мінералогічного музею відіграли персональні збори різних науковців і працівників виробництва (Г.В. Букін, О.С. В’ялов, М.П. Габінет, О.О. Годовіков, В.А. Калюжний, Ю.П. Дорошенко, Є.К. Лазаренко, О.І. Матковський, Б.В. Мерліч, В.І. Павлишин, М.М. Сливко, П.М. Чирвинський, Є.О. Янчинський, А.А. Ясинська та ін.) під час проведення польових експедиційних робіт на різних геологічних об’єктах і в різних регіонах, а також під час екскурсій для учасників міжнародних, всесоюзних та республіканських наукових нарад.
1953 р. – З нагоди 100-літнього ювілею наказом Міністерства культури СРСР музей виділено в самостійний науковий підрозділ. Було введено посаду завідувача музею (у різні роки її обіймали М.С. Коробцова, Н.Я. Лиса, С.С. Мартинова, О.М. Ушакова, М.В. Соболєв, Л.О. Григорчук, Л.М. Волкова, Б.З. Манчур, У.І. Горнятко, а сьогодні – І.М. Манчур). З цього часу кафедра мінералогії та її завідувачі є науково-педагогічними кураторами музею.
1956 р. – Був виданий путівник по мінералогічному музею за редакцією М.М. Сливка.
1971 р. – Мінералогічний музей поповнився великою кількістю мінералів (1264 зразки), переданих з кафедри кристалографії, яку ліквідовано.
1979 р. – Солідну кількість мінералів (57 зразків) подаровано музею 1979 р. ІГН АН Казахстану.
1983 р. – За багатогранну діяльність Мінералогічний музей Львівського університету було високо оцінено на Всесоюзному конкурсі-огляді вузівських музеїв і нагороджено Почесною грамотою Міністерства вищої і середньої спеціальної освіти СРСР. Такої ж грамоти були удостоєні: завідувач музею Л.О. Григорчук і декан геологічного факультету, голова музейної ради О.І. Матковський.
1992 р. – Музею присвоєно ім’я видатного українського вченого-мінералога, академіка Євгена Лазаренка, який зробив неоцінений внесок у його відновлення в післявоєнні роки і подальший розвиток.
1996 р. – Мінералогічний музей імені Євгена Лазаренка разом з Мінералогічним музеєм Інституту геохімії, мінералогії та рудоутворення НАН України брав участь в організації і проведенні виставки “Мінерали України” на ХV Міжнародній виставці-ярмарку мінералів у Мішкольці (Угорщина). Від музею експонували головно мінерали з геологічних утворень Волино-Подільського і Карпатського регіонів. Безпосередньо задіяними в роботі виставки-ярмарку були проф. О.І. Матковський, доценти М.М. Павлунь і Ю.І. Федоришин і завідувач лабораторії М.П. Горін.
2007 р. – Мінералогічний музей включено до єдиного державного реєстру при Управлінні культури і туризму обласної державної адміністрації системи Міністерства культури і туризму України.